Inicjatywa przybliżenia dawnych tradycji kulinarnych pojawiła się podczas zajęć na kierunku historia w piotrkowskiej Filii Uniwersytetu Jaka Kochanowskiego w 2014 roku. Początkowo były to organizowane w plenerze warsztaty pod nazwą „Warsztaty marcepanowe” bądź „Marcepany Zygmunta” Starego”, stanowiące uzupełnienie imprez organizowanych przez miasto bądź samodzielne wydarzenia sezonowe.

Zainteresowanie dziejami słodyczy oraz własnoręcznie produkowanymi marcepanami rosło zarówno wśród odwiedzających, jak i samych studentów, dlatego ci ostatni postanowili atrakcję uniezależnić od sezonu, a zwłaszcza od kaprysów pogody. W roku 2016 na piotrkowskim Starym Mieście (ul. Grodzka 1) staraniem Piotrkowskiego Bractwa Akademickiego im. Zygmunta I Starego uruchomiony został punkt edukacyjno-popularyzatorski „Marcepany Króla Zygmunta”.

Głównym celem inicjatywy było organizowanie spotkań i prelekcji przybliżających dzieje i tradycje Piotrkowa doby Jagiellonów. Stałą zaś atrakcją historyczną placówki stało się odtwórstwo produkcji marcepanów na potrzeby dworu królewskiego. Metryka Koronna” wzmiankuje bowiem o działających w czasach panowania Zygmunta I Starego i Bony w Piotrkowie dwóch aptekarzach: Melchiorze Bogurskim oraz Włochu Marku Revesla. A zważywszy na fakt, że tenże Zygmunt I był wielkim miłośnikiem marcepana oraz wielkim dobrodziejem Piotrkowa, to trudno sobie wyobrazić, by marcepana w mieście, które w XVI wieku było ważnym punktem na mapach Polski i Europy, nie produkowano.

W roku 2018 punkt edukacyjno-popularyzatorski decyzją Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego został przekształcony w Muzeum Marcepanów i poszerzył swoją działalność o krzewienie wiedzy na temat historii Piotrkowa i regionu piotrkowskiego. Zainteresowanie ofertą szybko wykroczyło poza granice miasta i obecnie do Piotrkowa przyjeżdżają osoby z całego kraju, a także spoza jego granic.

Głównym celem Muzeum Marcepanów pozostaje odtworzenie warsztatu pracy renesansowych aptekarzy oraz ukazanie bogactwa renesansowego Piotrkowa, jednego z najważniejszych polskich miast Rzeczypospolitej.